华南海鲜市场不是病毒发源地!中科院团队基因追踪“零号病人”再进一步

2020-02-22 20:31:51 | 来源: | 参与: 0

  来源 | DeepTech深科技(deeptechchina)

  作者 | 孙滔

  华南海鲜市场的新冠病毒来自其他地方,这个结论有了基于基因序列的证据。

  中国科学院西双版纳热带植物园的研究人员在分析93个新型冠状病毒样本基因组数据后发现,基于120个变异位点得到58种单倍型(基因类型)中,来自华南海鲜市场患者样品单倍型与H1有关,而作为更古老的基因类型样本H3、H13和H38则来自华南海鲜市场之外。这印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。

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  图 | 新型冠状病毒58种单倍型的演化关系和地理分布格局(A,B),单倍型之间的可能演化关系(C),以及新型冠状病毒的可能传播和扩散路线(D);A 和 B 圆圈中的数据是样本数量(来源:郁文彬)

  这个研究印证了此前1月24日发表在《柳叶刀》的研究结论,即追踪第一批41个确诊病例发现,这批最早在12月1日报告的病例中,总共有13个病例与海鲜市场无接触史。

  也就是说,病毒在进入海鲜市场之前就已经潜入武汉居民的生活中。

  这个研究由中国科学院西双版纳热带植物园郁文彬联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员进行,于2月19日发表在中国科学院科技论文预发布平台ChinaXiv上。作者认为,确定海鲜市场是不是病毒发源地对于寻找病毒的来源,以及确定中间宿主,对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。

  全基因组数据分析溯源

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  图 | 跨越8个编码区的120核苷酸突变分析(来源:郁文彬)

  郁文彬对DeepTech解释说,这是一种基于种群遗传学的分析方法。

  一种基因型不等于一个患者,一种新冠病毒单倍型携带者有可能是多人,甚至可能是上百人,比如H1单倍型就对应了19个样本,但是可以通过这个来溯源,因为某个单倍型患者意味着可能是来自同一个源传染。

  研究人员收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中的93个新型冠状病毒样本的基因组数据(截止2月12日),覆盖了四大洲12个国家。其中有39个样本来自11个国家的感染患者,编码了31个单倍型。来自中国的54个样本也编码了31个单倍型。

  他们通过全基因组数据解析,追溯传染源及扩散路径发现,收到的93个样本包含58种单倍型,而58个单倍型中,H13和H38是比较“古老的”单倍型,两者通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。

  值得注意的是,与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生单倍型,而一份来自武汉样品的更“古老的”单倍型H3则与华南海鲜市场无关。

  作者结合第一批患者报告信息,以及种群扩张时间分析结果,作者推测华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来,在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。

  作者还推测,单倍型H13和H38通过一个中间载体与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联,这个中间载体mv1可能是一个祖先单倍型,也可能来自中间宿主或者“零号病人”。

  “古老的”单倍型H13和H38的病毒样品分别来自深圳的病患(广东首例)和美国华盛顿州的病患(美国首例)。他们的旅行记录表明2019年12月底至2020年1月初都来过武汉。

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